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為對抗殘暴罪犯，存在著警察無法應對的治安危機的世界之中，出現了一種彌補警察不足的武裝偵探，在法律限制內解決個人或組織的委託，通稱「武偵」。東京武偵高中是專門培育武偵的特殊學校，學生的義務是必須攜帶槍械與刀劍，在這所學校偵探科二年級的男主角遠山金次，被自己所擁有的某種特殊體質（一種會在某種契機之下使大腦細胞高度活性化，並且附帶某種奇怪的副作用）所深深困擾著，對於這一點他始終希望對其他人保密，只祈求能過平凡的校園生活…
可惜事與願違，二年級的遠山金次在某天上學途中被捲入一起「武偵殺手」的炸彈魔攻擊，在身處絕境時，一位美少女從天而降，從此金次與強襲科的超精英─S級武偵神崎·H·亞莉亞相遇（外表可愛、身材嬌小卻非常有能力，同時也是個狂暴並富有攻擊性的女孩），就這樣，被迫與最強武偵亞莉亞組隊的金次，
開始了面對兇惡罪犯的日常生活，而他冀望的平凡生活也逐漸遠去…