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前一部講述了在東京的新宿，一切就像受到了某種力量的引導一樣。主人公緋勇龍麻轉校來到了真神學園，並遇到了劍道部的蓬菜寺京一、摔跤部的醍醐雄矢、弓道部的櫻井小蒔以及學生會會長美里葵。眾人由於受到了“龍脈”的影響，各自體內的未知力量開始覺醒了。同樣受到龍脈影響的名為“鬼”的異形也出現在了東京，並被某個神秘的對東京有企圖的黑手所操縱。為了保護東京，也為了各自所背負的宿命，龍麻等人決定去面對即將發生的一切。
在這一部中，在和九角天童的戰斗結束後，龍麻等人又回到了往日和平的生活之中。但是，那只是一時的和平，很快，這種生活又被新到的刺客拳武十二神將給打破了。不只是龍麻他們這樣擁有能力的人，就連身邊的人們也受到了拳武十二神將的攻擊。他們行凶的目的究竟是什麼呢……？在根本不知道為什麼而戰的龍麻他們面前，一直在暗地里操縱這一切的“真正的敵人”的影子漸漸浮了出來……